滴灌系统可采用手动控制，半自动控制及全自动控制三种控制方式。农业滴灌常常采用手动控制及半自动控制。

手动控制设备简单，可以用闸阀，球阀，蝶阀等阀门根据经验或编制好的灌溉制度实施控制。农业上手动控制十分普遍。

半自动控制设备包括：定时控制器（或定量），电磁阀，电线。灌溉管理人员根据经验或编制好的灌溉制度在控制器上编程灌溉。

全自动灌溉系统由一台电脑控制全系统。智能化水平高，更容易做到精确灌溉，充分满足作物需水量。电脑下达命令给田间控制器。控制器启动水泵，控制阀门开启，控制过滤器冲洗，控制施肥系统施肥等。控制器上可接各种传感器，如：土壤水分传感器，土壤温度传感器，电导率传感器，PH值传感器，流量传感器，雨量传感器等，用于监测作物生长环境，自动调节。

全自动灌溉系统是未来发展趋势。但由于设计、安装、调试、管理复杂，要求有高水平的、培训到位的优秀设计、安装、管理人员。我国现阶段在农业上不宜大规模推广。